Αλιευτικοί πόροι και περιβαλλοντικές παράμετροι που τους επηρεάζουν. Μελέτη της ιχθυοπανίδας σε σχέση με το φυσικό περιβάλλον στα εσωτερικά νερά. Μελέτη φυτικών και ζωικών οργανισμών που ζουν κυρίως στο βυθό των μεταβατικών (λιμνοθάλασσες, εκβολές) και παράκτιων οικοσυστημάτων, καθώς και οι μεταξύ τους αλληλεπιδράσεις.
Ανάπτυξη νέων τεχνολογιών, φιλικών προς το περιβάλλον, στους τομείς της υδατοκαλλιέργειας και της φυτοθεραπείας υγρών λυμάτων. Βιολογία, οικολογία και δυναμική πληθυσμών των θαλάσσιων οργανισμών που παρουσιάζουν οικονομικό ενδιαφέρον.
Προώθηση και εφαρμογή νέων τεχνολογιών στις υδατοκαλλιέργειες εσωτερικών υδάτων. Ανάπτυξη τεχνολογιών για την τεχνητή αναπαραγωγή προστατευομένων ειδών των εσωτερικών υδάτων. Διαχείριση αλιευτικών αποθεμάτων και μεταποίηση αλιευμάτων.
http://elgo.gr/index.php?option=com_content&view=article&id=7:fisheries-research&catid=248&Itemid=1277#sigProIdead9233287